Het onderscheid dat tetracyclinen maken tussen bacteriën (prokaryoten) en schimmels, planten en dieren (eukaryoten) is gebaseerd op het verschil in de bouw van de ribosomen tussen deze twee groepen organismen. De ribosomen van prokaryoten bezitten minder, kleinere en anders gevormde moleculen dan de ribosomen van eukaryoten. De ribosomen van prokaryoten worden dan ook 70S ribosomen genoemd. Die van eukaryoten 80S ribosomen. 
 

Toch is dit onderscheid, deze selectieve werking, van tetracyclinen niet volledig. In de cellen van schimmels, planten en dieren, en dus ook de mens, zitten onder andere kleine orgaantjes (organellen) die belangrijk zijn voor de energiehuishouding. Deze organellen, die mitochondriën worden genoemd, hebben een eigen celwand die qua bouw lijkt op die van bacteriën. Mitochondriën bezitten eigen DNA, waarin de erfelijke informatie voor hun werking is opgeslagen.

  
Ze bezitten ook eigen ribosomen om, onafhankelijk van de cel, zelf deze informatie te lezen en te kopiëren. Mitochondriën zijn hierdoor organellen die zelf groeien en zichzelf delen. Om deze reden wordt verondersteld dat mitochondriën van prokaryoten (bacteriën) afstammen.
 
De ribosomen in de mitochondriën van eukaryoten hebben bovendien dezelfde bouw als de 70S ribosomen van prokaryoten. Een antibioticum die de 70S ribosomen van prokaryoten verstoort, kan daardoor toch ook de mitochondriën van eukaryote, dus ook menselijke, cellen verstoren.
 
Tetracyclinen kunnen daarentegen niet goed in de cellen van eukaryoten binnendringen, zodat ze de ribosomen van deze organismen niet zo sterk kunnen vertoren.